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2016.11.15セミナー

2016年11月24日に久留米大学バイオ統計センター公開セミナーを開催します。

バイオ統計センター公開セミナー

日時2016年11月24日(木)15:00-17:00

場所久留米大学バイオ統計センター 講義室

講演者植木優夫(久留米大学バイオ統計センター)

演題最短経路を利用した遺伝関連解析

概要ゲノムワイド関連解析(GWAS)では、各SNP毎の周辺的
   効果を一変量回帰によって一つづつ調べることが標準とな
   っている。これは各SNPを独立に扱うため、連鎖不平衡(S
   NP間相関)によって効果が隠される場合には適切な手段とな
   り得ない。データが低次元であれば重回帰モデルを用いる
   ことでSNP間の相関構造を勘案できるが、GWASデータは
   超高次元(p>>n)であるために一般的な重回帰モデルの適用
   は困難である。一方、サブセット回帰は大量の候補変数の
   組み合わせが生じることから利用は難しい。
   本発表では、弱い周辺効果しか示さないが、連鎖不平衡に
   よって効果が隠された遺伝的要因を探る手法として、双方
   向グラフ上の最短経路を利用した遺伝関連解析法を提案す
   る。まず、弱い周辺効果を示すSNPの近傍で連鎖不平衡統
   計量により隣接性を定義した双方向グラフを作り、最短経
   路を求める。その後、それぞれの最短経路上で重回帰モデ
   ルをあてはめてSNPの効果の有無を調べる。ここで保守的
   な多重検定補正を適用して効果の発見を行う。遺伝的効果
   が隠されたという設定での数値実験により、既存手法より
   も遥かに大きい検出力が得られることを示す。さらに実際
   のGWASデータへの適用例を紹介する。



 

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